Η Μαργαρίτα Ισηγόνη γεννήθηκε στην Αθήνα και οι ρίζες της έρχονται από τη Σμύρνη. Είναι διδάκτωρ Θεωρητικής Φυσικής με ερευνητική δραστηριότητα στον τομέα της Στατιστικής Φυσικής σε συνεργασία με τον Δημόκριτο.

Το 1995 συνέγραψε το πρώτο της βιβλίο, τη μυθιστορηματική βιογραφία "Η οικογένεια Μιχαλάκη Ισηγόνη της Σμύρνης", εκδόσεις Τροχαλία, και το 1998 έκανε την πρώτη της έκθεση ζωγραφικής.

Έχει δημοσιεύσει μελέτες της σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά που αναφέρονται κυρίως στη φυσική, αλλά και στη χημεία, φιλοσοφία και λαογραφία.

Δίδαξε στο Deree.

Είναι μέλος της Εταιρείας Ελλήνων Λογοτεχνών (πάρεδρος), της Ένωσης Ελλήνων Φυσικών, της Ένωσης Σμυρναίων, του Συλλόγου Προστασίας Περιβάλλοντος Φιλοθέης, του Συλλόγου Επιστημόνων και Γονέων για την Παιδεία Φιλοθέης, των Γιατρών του Κόσμου και υποστηρίκτρια της Greenpeace.