Το Φθινόπωρο του 1916, όταν διαφαινόταν η επικείμενη βουλγαρική κατοχή, πολλοί φίλοι και συνεργάτες του Μητροπολίτη Γερμανού Σακελλαρίδη, που γνώριζαν καλά από τη μια την εθνική του δράση αλλά από την άλλη ήταν εξίσου γνώστες και της εκδικητικότητας των Βουλγάρων, του συνέστησαν να μεταβεί στην απέναντι πλευρά του Στρυμόνος που ήταν ελεύθερη περιοχή ή στο Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ένας από του συνεργάτες του ήταν και ο Νικόλαος Νικολάου. Ο Γερμανός, δεν αποδέχθηκε τη λύση της φυγής, λέγοντας ότι "δέν θά εγκαταλείψω το ποίμνιό μου και ότι θα συμμεριστώ μέχρι τέλους την τύχη των Ελλήνων της επισκοπής μου" και "ήρξατο πάλιν δρων εθνικώς εν τη επαρχία του διά τήν αποτίναξιν του φοβερού ζυγοού των Βουλγάρων". Την αποφασιστικότητα του Γερμανού ν\' αντισταθεί και ν\' αντιδράσει με όλες τους τις δυνάμεις ενάντια στις προπαγανδιστικές ενέργειες των εισβολέων, καταγγέλοντας τις καταπιέσεις που υφίστατο το ποίμνιό του, αποδεικνύουν και οι επιστολές του προς τον Αρχιεπίσκοπο Αθηνών.

Οι Βούλγαροι όμως μη λησμονώντας την εθνική δράση του Μητροπολίτη κατά το 1912-1913 επιθυμούσαν με κάθε τρόπο να τον εξοντώσουν, επειδή στεκόταν εμπόδιο στα σχέδιά τους. Έχοντας λοιπόν ήδη από ετών προεγγράψει το όνομά του στον κατάλογο των μελλοθανάτων και με το πρόσχημα της κατηγορίας για αντικατασκοπία, τον εκδικήθηκαν για την πλούσια (από το 1906 που ήταν Μητροπολίτης Πρεσπών και Αχριδών) ενδεκαετή αντιβουλγαρική του δράση.