Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν το 1878 από τον Ηρακλειώτη Μίνωα Καλοκαιρινό. Ακολούθησαν οι ανασκαφές που διεξήγαγε ο Αγγλος Sir Άρθουρ Έβανς (1900-1913 και 1922-1930) και που αποκάλυψαν ολόκληρο το ανάκτορο.

Τα παλαιότερα ίχνη κατοίκησης στο χώρο του ανακτόρου ανάγονται στη νεολιθική εποχή (7000-3000 π.Χ.). Η κατοίκηση συνεχίζεται στην προανακτορική περίοδο (3000-1900 π.Χ.), στο τέλος της οποίας ο χώρος ισοπεδώνεται για την ανέγερση ενός μεγάλου ανακτόρου. Το πρώτο αυτό ανάκτορο καταστρέφεται, πιθανότατα από σεισμό, το 1700 π.Χ. περίπου. Δεύτερο, μεγαλοπρεπέστερο ανάκτορο ανεγείρεται πάνω στα ερείπια του παλαιού. Μετά από μερική καταστροφή γύρω στο 1450 π.Χ.,οι Μυκηναίοι εγκαθίστανται στην Κνωσό.

Το ανάκτορο καταστρέφεται οριστικά περί το 1350 π.Χ. από μεγάλη πυρκαγιά. Ο χώρος που καλύπτει ξανακατοικείται από την ύστερη μυκηναϊκή περίοδο μέχρι τα ρωμαϊκά χρόνια.

Στο ανάκτορο της Κνωσού έχουν γίνει ευρείας έκτασης αναστηλώσεις από τον αρχαιολόγο Sir Arthur Evans. Ηταν πολυόροφο και κάλυπτε έκταση 20.000 τ.μ. Εντύπωση προκαλούν η ποικιλία των δομικών υλικών, τα χρωματιστά κονιάματα, οι ορθομαρμαρώσεις και οι τοιχογραφίες που κοσμούν δωμάτια και διαδρόμους. Τις υψηλές τεχνικές γνώσεις των Μινωιτών επιβεβαιώνουν πρωτότυπες αρχιτεκτονικές και κατασκευαστικές επινοήσεις, όπως οι φωταγωγοί και τα πολύθυρα, η χρήση δοκαριών για ενίσχυση της τοιχοποιίας, καθώς και το σύνθετο αποχετευτικό και υδρευτικό δίκτυο.