Η Μαγδαληνή Μαρινάκη έλαβε το πτυχίο του Μηχανικού Παραγωγής και Διοίκησης από το Πολυτεχνείο Κρήτης και το μεταπτυχιακό και το διδακτορικό της δίπλωμα από το ίδιο τμήμα. Κατά τη διάρκεια των σπουδών της έλαβε υποτροφίες από το ΙΚΥ και από το ΤΕΕ. Από το Σεπτέμβριο του 2004 απασχολείται στο Εργαστήριο Ελέγχου Βιομηχανικών Συστημάτων του Πολυτεχνείου Κρήτης σαν Επιστημονικός Συνεργάτης. Έχει δουλέψει σαν Ερευνητής σε διάφορά χρηματοδοτούμενα από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή προγράμματα. Έχει διδάξει στο ΤΕΙ Κρήτης, Παράρτημα Χανίων, ενώ από το Σεπτέμβριο του 2002 έως το Φεβρουάριο του 2006 ήταν συμβασιούχος λέκτορας στο Τμήμα Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης. Είναι συγγραφέας δύο βιβλίων, 26 άρθρων σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά και περισσότερων από 50 άρθρων σε κεφάλαια βιβλίων και σε πρακτικά διεθνών συνεδρίων. Τα ερευνητικά της ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν την επίλυση προβλημάτων με μεθευρετικούς, εξελικτικούς αλγορίθμους και μεθόδους εμπνευσμένες από την φύση, τη δυναμική βελτιστοποίηση, τη βελτιστοποίηση, τον αυτόματο έλεγχο, τη μοντελοποίηση και τον έλεγχο περιβαλλοντικών συστημάτων, την επιχειρησιακή έρευνα και τις εφαρμογές της, τη χρηματοοικονομική διοίκηση, την εξόρυξη γνώσης από δεδομένα και τη μαθηματική μοντελοποίηση.