Ο Νεκτάριος Μουρδικούδης είναι απόφοιτος του Τμήματος Ελληνικής Φιλολογίας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης, με μεταπτυχιακές σπουδές στο ΠΜΣ «Κείμενα και Πολιτισμός» του ίδιου Τμήματος. Είναι επίσης κάτοχος πιστοποιητικού επιμόρφωσης με αντικείμενο την Επιμέλεια και Διόρθωση Κειμένων του Κέντρου Επιμόρφωσης και Διά Βίου Μάθησης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.