Ο Γιάννης Μαρκάκης γεννήθηκε στο Ηράκλειο Κρήτης το 1966. Σπούδασε Νομικά και Ιστορία και Θεωρία Κινηματογράφου. Έχει εκδώσει την ποιητική συλλογή "Συνδρομητής εικόνων" (Αθήνα 2005, εκδ. Γαβριηλίδης) καθώς και το παραμύθι "Πανηγύρι με τη γύρη" (Ηράκλειο 2004, εκδ. Λυχνοστάτης - συγγραφή από κοινού με τη Μαίρη Μπαριτάκη). Επίσης, έχει σκηνοθετήσει 5 ντοκυμανταίρ μικρού μήκους και έχει κάνει διεύθυνση παραγωγής σε ταινίες μεγάλου μήκους. Συντονιστής της Λέσχης ποίησης Ηρακλείου (2006-2013).

Με τον πατέρα του δημιούργησαν το Μουσείο Παραδοσιακής Ζωής Κρήτης "Λυχνοστάτης" του οποίου είναι σήμερα διευθυντής. Έχει διατελέσει (2001-2013) γραμματέας και αντιπρόεδρος της Διεθνούς Επιτροπής Περιφερειακών Μουσείων (ICR/ICOM) και από το 2015 είναι εθνικός αντιπρόσωπος στον ευρωπαϊκό φορέα Μουσείων EMF.