Η Έφη Σαπουνά-Σακελλαράκη γεννήθηκε στον Πειραιά και μεγάλωσε στην Αθήνα. Απόφοιτος της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Τμήματος Τουριστικών Επαγγελμάτων της Βιομηχανικής Σχολής, παρακολούθησε μεταπτυχιακά μαθήματα στο Λονδίνο και στη Χαϊδελβέργη και ανακηρύχθηκε διδάκτωρ της Φιλοσοφικής Σχολής στην Αθήνα. Εργάστηκε στα Μουσεία Ακρόπολης, Ολυμπίας, Ναυπλίου, Ηρακλείου και Κέρκυρας, καθώς και σε ανασκαφές στις αντίστοιχες περιοχές. Υπηρέτησε στις ανασκαφές της Αμερικανικής Αρχαιολογικής Σχολής στην Αρχαία Αγορά Αθηνών ως γραμματέας, στο Τμήμα Αρχείων του Υπουργείου Πολιτισμού και στην Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων.

Σημαντική υπήρξε η συμμετοχή της στις ανασκαφές της Ζάκρου, των Αρχανών και της Ζωμίνθου, τις οποίες συνδιηύθυνε με τον αρχαιολόγο σύζυγό της, Γιάννη Σακελλαράκη. Για την ανασκαφή των Αρχανών βραβεύτηκαν από την Ακαδημία Αθηνών. Ως έφορος Αρχαιοτήτων Ευβοίας, διενήργησε σημαντικές ανασκαφές σε όλο το νησί, στη Σκύρο και στις βοιωτικές ακτές. Η δημιουργία μουσείων, η επανέκθεση παλαιών και η ενημέρωση με Οδηγούς και εκπαιδευτικά προγράμματα υπήρξαν από τις κύριες φροντίδες της. Έχει συμμετάσχει σε πλήθος συνεδρίων και έχει ταξιδέψει με τον σύζυγό της σε πολλές χώρες για επιστημονικές διαλέξεις.

Το συγγραφικό της έργο ξεπερνά τους 150 τίτλους βιβλίων και επιστημονικών άρθρων. Είναι μέλος της Εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας, της Ελληνικής Νομισματικής Εταιρείας, του Ινστιτούτου Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών και των Αρχαιολογικών Ινστιτούτων του Βερολίνου και της Αμερικής. Από το 2010 είναι πρόεδρος του Ιδρύματος Ψύχα, το οποίο χρηματοδοτεί ελληνικές ανασκαφές.