Ο Θεοφύλακτος καταγόταν από την Εύβοια και το επίθετο του μας είναι γνωστό (Ήφαιστος). Ο ίδιος μας πληροφορεί ότι ωφελήθηκε πάρα πολύ από τις συναναστροφές στην Κωνσταντινούπολη και τις γνώσεις του δασκάλου "του υπάτου των Φιλοσόφων" Μιχαήλ Ψελλού, στην οποία διέπρεψε ως «μαΐστωρ των ρητόρων» (καθηγητής δηλ. της αρχαίας ελληνικής γραμματείας) και αργότερα ως διδάσκαλος του Ευαγγελίου (ερμηνευτής δηλ. της Καινής Διαθήκης) και καθηγητής της Θεολογίας, ένα αξίωμα και λειτούργημα ταυτόχρονα που του το επέτρεπε να το ασκεί η συγκατάθεση του Οικουμενικού Πατριαρχείου και το οποίο άσκησε έως περίπου το 1089, όταν εκλέχτηκε αρχιεπίσκοπος Αχρίδος. Στην αρχιεπισκοπή παρέμενε ως το τέλος της ζωής του που σύμφωνα με τις τελευταίες έρευνες τοποθετείται μετά το έτος 1126.

Λόγιος με στερεή μόρφωση ο Θεοφύλακτος έδρασε στην Αχρίδα ως ανεξάρτητος πνευματικός ηγέτης της αυτοκέφαλης αρχιεπισκοπής Αχρίδος στην οποία ο Βασίλειος Β΄ ο Βουλγαροκτόνος παραχώρησε το 1019 ιδιαίτερα προνόμια. Η αρχιεπισκοπή Αχριδών έμελλε να διαδραματίσει ρόλο στην πνευματική ζωή των Βουλγάρων έως την εποχή (1186) που αυτοί απέκτησαν αυτόνομη εκκλησία, το Πατριαρχείο Τυρνόβου.

Η αρχιεπισκοπή της Πρώτης Ιουστινιανής, όπως ήταν γνωστή η εκκλησιαστική αρχή της Αχρίδας ως την εποχή της κατάληψης της από τους Βουλγάρους παρέμεινε και αυτή αυτοκέφαλος, όπως και η αρχιεπισκοπή Κύπρου, κι όταν απεσπάσθη «της χειρός των Βουλγάρων» από τον Βασίλειο Β΄ δεν θεωρήθηκε σκόπιμο να της αφαιρεθούν τα αρχαία προνόμια, απεναντίας να επεκταθεί η δικαιοδοσία της στις περιοχές της Βουλγαρίας και τοιουτοτρόπως να προστεθεί στον τίτλο του Αρχιεπισκόπου ο προσδιορισμός «πάσης Βουλγαρίας». Το γεγονός ότι η εκλογή του αρχιεπισκόπου Αχρίδος και πάσης Βουλγαρίας γινόταν στην Κωνσταντινούπολη με σύμφωνη γνώμη του αυτοκράτορα και της Συνόδου του Πατριαρχείου δεν αντέβαινε στο αυτοκέφαλον της αρχιεπισκοπής, το οποίο διατήρησε μέχρι το έτος 1767 όταν υπηχση στο Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Ο Θεοφύλακτος Αχρίδος (ή Βουλγαρίας) έγραψε ποικίλα έργα: α) ερμηνευτικά, από τα οποία το πλέον προβεβλημένο είναι η ερμηνεία στους τέσσερις Ευαγγελιστές, β) αντιρρητικές πραγματείες, γ) ποιήματα, δ) ομιλίες και ε) επιστολές που απασχόλησαν ιδιαίτερα τη σύγχρονη έρευνα. Από τα νουθετικά του έργα ξεχωρίζει η "Βασιλική παιδεία", κείμενο που γράφτηκε ως διδαχή για τον Κωνσταντίνο Δούκα, γιο του Μιχαήλ Ζ΄ Δούκα, με τον οποίο ο Αλέξιος Α΄ Κομνηνός αρραβώνιασε την κόρη του Άννα Κομνηνή. Από τα αγιολογικά του κείμενα ξεχωρίζουν ο "Βίος του Αγίου Κλήμεντος" και το "Μαρτύριον των αγίων ιε΄ μαρτύρων της Τιβεριουπόλεως".