Η Μαρία Βαϊνά δίδαξε Σχολική Παιδαγωγική στη Σχολή Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης, και σήμερα, μετά από μια σύντομη θητεία ως Σχολική Σύμβουλος Φιλολόγων στο Νομό Ευβοίας, διδάσκει Διδακτική Μεθοδολογία ως μόνιμη Καθηγήτρια Παιδαγωγικής στην Παιδαγωγική Τεχνική Σχολή Αθηνών της ΣΕΛΕΤΕ. Έχει ειδικευτεί στις εναλλακτικές μορφές διδασκαλίας στα πλαίσια μιας μεταρρυθμιστικής παιδαγωγικής, και σε θέματα Ιστορίας της Νεοελληνικής και Διεθνούς Εκπαίδευσης.