Ο Γιάννης Σίσκος έχει εργαστεί ως καθηγητής του τμήματος Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης, όπου διετέλεσε και Αντιπρύτανης. Επίσης, υπήρξε πρόεδρος της Ελληνικής Εταιρίας Επιχειρησιακών Ερευνών (ΕΕΕΕ), καθώς και αντιπρόεδρος της Διεθνούς Ομοσπονδίας Εταιρειών Επιχειρησιακής Έρευνας (IFORS). Ειδικευμένος στα πολυκριτήρια συστήματα αποφάσεων και στα συστήματα μέτρησης της ποιότητας, έχει συγγράψει πληθώρα θεωρητικών άρθρων και βιβλίων και έχει εκπονήσει μελέτες για επιχειρήσεις και οργανισμούς της Ελλάδας και του εξωτερικού. Σήμερα είναι καθηγητής του τμήματος Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πειραιώς.