Η Μαρία Νικολακάκη σπούδασε παιδαγωγικά στη Ράλλειο Παιδαγωγική Ακαδημία Πειραιώς, στη σχολή Νηπιαγωγών Αθηνών, στο Μαράσλειο Διδασκαλείο Δημοτικής Εκπαίδευσης και στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκαπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών. Πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, όπου εκπόνησε και τη διδακτορική της διατριβή στο χώρο των επιστημών της αγωγής. Στη συνέχεια εκπόνησε δυο μεταδιδακτορικές έρευνες, μία (με υποτροφία ΝΑΤΟ), στο Institute of Education και μία (με υποτροφία του ΙΚΥ) στο ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών. Υπήρξε Honorary Fellow του Πανεπιστημίου Wisconsin, Madison, USA.

Υπηρέτησε επί εικοσαετία ως δασκάλα της Πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης. Έχει διδάξει στο ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Πατρών, στο Μαράσλειο Διδασκαλείο και στο Τμήμα Διδακτικής της Τεχνολογίας και Ψηφιακών Συστημάτων του Πανεπιστημίου Πειραιώς. Είναι λέκτορας του Παιδαγωγικού Τμήματος Ειδικής Αγωγής του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας στο γνωστικό αντικείμενο "Παιδαγωγικά: διδακτική μεθοδολογία".