Ο Εμμανουήλ Β. Μαρμαράς γεννήθηκε στην Αθήνα το 1947. Σπούδασε Αρχιτεκτονική στο ΕΜΠ, από το οποίο αποφοίτησε το 1972. Tο 1986 αναγορεύτηκε διδάκτωρ του ΕΜΠ στην "Πολεοδομία και Χωροταξία" και το 1993 διδάκτωρ (PhD) του Πανεπιστημίου του Λέστερ (Leicester) του Ηνωμένου Βασιλείου στην "Ιστορία της Πόλης". Διετέλεσε καθηγητής στο Τμήμα Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου επί μία δεκαετία (1996-2006). Από το ακαδημαϊκό έτος 2006-07, είναι καθηγητής στο Τμήμα Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Πολυτεχνείου Κρήτης, όπου διδάσκει τα μαθήματα "Εισαγωγή στον Αστικό και Πολεοδομικό Σχεδιασμό", "Πολεοδομικοί Σχεδιασμοί Ι & ΙΙ" και "Ιστορία της Πόλης και της Πολεοδομίας". Την περίοδο 2004-2011, δίδαξε ως Συνεργαζόμενο Επιστημονικό Προσωπικό (ΣΕΠ) του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου (ΕΑΠ) (εκπαιδευτική ενότητα Σπουδές στον Ευρωπαϊκό Πολιτισμό) το μάθημα της "Γενικής Γεωγραφίας, Ανθρωπογεωγραφίας & Υλικού Πολιτισμού της Ευρώπης". Από το ακαδημαϊκό έτος 2006-07 έως σήμερα, διδάσκει στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (ΜΠΣ) του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, με τίτλο "Στατιστικές Μέθοδοι στην Κτηματαγορά" τα μαθήματα "Γεωγραφία της Κατοικίας" και "Αστικός Σχεδιασμός". Ενώ, έχει διδάξει στο παρελθόν στα ακόλουθα ΜΠΣ: "Mediterranean Studies" του King\'s College στο Λονδίνο, Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα του Τμήματος Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης (ΕΜΜΕ) του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, "European Master in Multimedia and Audiovisual Business Administration", που διεξήχθη στο Τμήμα ΕΜΜΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών σε συνεργασία με τα Πανεπιστήμια Institute Superieur de Commerce Saint-Louis (Βέλγιο), Universite de Metz (Γαλλία), Universidade de Lisboa (Πορτογαλία), και Kemi-Tonio Polytechnic (Φιλανδία) και "Γεωγραφία και Σχεδιασμός στην Ευρώπη και τη Μεσόγειο" του Τμήματος Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου.

Είναι πρόεδρος του Τμήματος Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Πολυτεχνείου Κρήτης (περίοδος 2010-12). Ενώ, διετέλεσε πρόεδρος του Τμήματος Γεωγραφίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου (περίοδος 2002-04). Παράλληλα, είναι μέλος των ακόλουθων επιστημονικών οργανώσεων και φορέων: Τεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδος (ΤΕΕ), Σύλλογος Αρχιτεκτόνων Διπλωματούχων Ανωτάτων Σχολών (ΣΑΔΑΣ), Σύλλογος Ελλήνων Πολεοδόμων Χωροτακτών (ΣΕΠΟΧ), Ελληνική Αρχιτεκτονική Εταιρεία, Ελληνική Γεωγραφική Εταιρεία, Εταιρεία Κυκλαδικών Μελετών (μέλος του Δ.Σ.), Planning History Group, International Planning History Society (όπως μετονομάστηκε το Planning History Group από το 1993), Εταιρεία Ιστορίας της Πόλης και της Πολεοδομίας (ιδρυτικό μέλος και πρόεδρος), Επιστημονική Επιτροπή του διεθνούς, μη κυβερνητικού και μόνιμου παρατηρητηρίου, για την "βιώσιμη κινητικότητα" στις μητροπολιτικές περιοχές MoVe, Κέντρο Ελληνο-Ρωσικών Ιστορικών Ερευνών (ΚΕΡΙΕ) (πρόεδρος), Κεντρικό Συμβούλιο Νεωτέρων Μνημείων (ΚΣΝΜ) (αναπληρωματικό μέλος). To 2004, ίδρυσε το Θερινό Σχολείο Πάρου σε συνεργασία με την Τοπική Αυτοδιοίκηση και πραγματοποίησε έως σήμερα οκτώ συγκλήσεις του, όπου αντιμετωπίστηκαν με διεπιστημονικό τρόπο θέματα αιχμής της σύγχρονης επιστήμης και κοινωνίας. Είναι συγκλητικός και μέλος της Επιτροπή Έρευνας του Πολυτεχνείου Κρήτης. Στο παρελθόν, διετέλεσε συγκλητικός του Πανεπιστημίου Αιγαίου, διευθύνων σύμβουλος της Εταιρείας Διαχείρισης και Αξιοποίησης Περιουσίας Πανεπιστημίου Αιγαίου ΑΕ, πρόεδρος του Συμβουλίου Φοιτητικής Μέριμνας της Πανεπιστημιακής Μονάδας Λέσβου του Πανεπιστημίου Αιγαίου, μέλος της Επιτροπής Έρευνας του Πανεπιστημίου Αιγαίου, Senior Research Fellow του Τμήματος Γεωγραφίας του King’s College στο Λονδίνο, μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Δημόσιας Επιχείρησης Πολεοδομίας και Στέγασης (ΔΕΠΟΣ), αναπληρωτής διευθυντής στη Διεύθυνση Μελετών και Ερευνών της ΔΕΠΟΣ, συνεργάτης αρχιτέκτων πολεοδόμος του Γραφείου "T.Χ.Zενέτος & Συνεργάτες, Αρχιτέκτονες, Πολεοδόμοι, Σύμβουλοι Μηχανικοί".