Γεννήθηκε στην Αθήνα και σπούδασε στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, από όπου πήρε το βασικό του πτυχίο και το διδακτορικό του. Το 1988 έλαβε το βραβείο - υποτροφία της UNESCO και συνέχισε την έρευνά του σε Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Κέντρα της Πολωνίας, της Ισπανίας, της Ελβετίας και της Ιταλίας.

Είναι καθηγητής του Πανεπιστημίου Αιγαίου, στο οποίο υπηρετεί από τις αρχές του 1990. Διετέλεσε Αντιπρύτανης Οικονομικού Προγραμματισμού & Ανάπτυξης και Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών από το 2003 έως το 2006, ενώ από το 2006 έως το 2010 έχει εκλεγεί Πρόεδρος του Τμήματος Μεσογειακών Σπουδών. Ο καθηγητής Γιάννης Σεϊμένης έχει εκλεγεί για τρεις συνεχόμενες διετείς θητείες ως Μέλος της Επιτροπής Εμπιστευτικότητας (Ανώτατου Διαιτητικού Οργάνου) του Διεθνούς Οργανισμού για την Απαγόρευση των Χημικών Όπλων (OPCW) στη Χάγη.