Ο Κωστής Παπαϊωάννου γεννήθηκε στην Αθήνα το 1966. Σπούδασε Ιστορία και έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στις Πολιτικές Επιστήμες. Διδάσκει στην Ελληνογαλλική Σχολή Eugène Delacroix. Διευθύνει την πρωτοβουλία «ΣΗΜΕΙΟ για τη Μελέτη και την Αντιμετώπιση της Ακροδεξιάς».

Ήταν πρόεδρος του ελληνικού τμήματος της Διεθνούς Αμνηστίας την περίοδο 1996-2003. Από το 2006 ώς το 2015 εκλεγόταν πρόεδρος της Εθνικής Επιτροπής για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου. Διετέλεσε Γενικός Γραμματέας Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (2015-2016). Πρωτοστάτησε στη σύσταση του Δικτύου Καταγραφής Περιστατικών Ρατσιστικής Βίας και μετείχε στον συντονισμό του Παρατηρητηρίου για τη Δίκη της Χρυσής Αυγής. Έχει εργαστεί ως ερευνητής για θέματα εκπαίδευσης, διά βίου μάθησης και διαπολιτισμικής εκπαίδευσης. Έχει συγγράψει εκπαιδευτικά βιβλία, σχολικά εγχειρίδια και εκπαιδευτικά εργαλεία για τα δικαιώματα του ανθρώπου. Αρθρογραφεί τακτικά στον έντυπο και ηλεκτρονικό Τύπο.

Κυκλοφορούν επίσης το βιβλίο του Τα «καθαρά χέρια» της Χρυσής Αυγής: Εφαρμογές ναζιστικής καθαρότητας (Μεταίχμιο, 2013) και η μπροσούρα με κείμενά του και κόμικς γνωστών δημιουργών Ας μιλήσουμε καθαρά για την Ακροδεξιά (Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου, 2014).