Η Ελένη Καλαφάτη γεννήθηκε οτη Χαλκίδα το 1952. Το 1976 αποφοίτησε από τη Σχολή Αρχιτεκτόνων του Ε.Μ.Π.. Είναι διδάκτωρ της Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales του Παρισιού (ειδικότης: Ιστορία και Πολιτισμοί).

Σύμβουλος ανάπτυξης της Βιβλιοθήκης και του Κέντρου Τεκμηρίωσης της Σχολής Αρχιτεκτόνων του Ε.Μ.Π. (1998-2002). Είχε την επιστημονική ευθύνη για την ταξινόμηση και καταλογογράφηση του Αρχείου Κωνσταντίνου Α. Δοξιάδη (1999-2004). Από το 1998 διδάσκει στα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών "Σχεδιασμός-Χώρος-Πολιτισμός" του Ε.Μ.Π. και "Ιστορία της Πόλης και της κτιριοδομίας μετά τον 16ο αιώνα" του Τμήματος Ιστορίας του Ιονίου Πανεπιστημίου.

Είναι συγγραφέας του βιβλίου "Τα σχολικά κτίρια της πρωτοβάθμιας εκπαίδευσης στην Ελλάδα (1821-1928). Από τις προδιαγραφές στον προγραμματισμό", Ιστορικό Αρχείο Ελληνικής Νεολαίας / Γενική Γραμματεία Νέας Γενιάς, Αθήνα, 1988. Ερευνητικά ασχολείται με την ιστορία της παραγωγής και της διαχείρισης του δομημένου χώρου στη νεότερη Ελλάδα και την ιστορία της τεχνολογίας.