Ο π. Ιωάννης Ασημάκης σπούδασε φιλοσοφία και θεολογία στην Πάδοβα (1987-1992). Την περίοδο 1993-2000 εργάστηκε ως κληρικός της Καθολικής Επισκοπής Σύρου στην Ερμούπολη και την Άνω Σύρο. Εργάστηκε επίσης ως καθολικός θεολόγος στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση και ασχολήθηκε με το Κέντρο Ιστορικών Μελετών της Καθολικής Επισκοπής Σύρου (ΚΙΜΚΕΣ). Ακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές συστηματικής θεολογίας στο Γρηγοριανό Πανεπιστήμιο της Ρώμης (2000-2002) και συνέχισε την εκπαίδευσή του στην εκκλησιολογία με την εκπόνηση διδακτορικής διατριβής (2004).

Σήμερα είναι αρχιερατικός επίτροπος της Καθολικής Εκκλησιάς Βορείου Ελλάδος (Αποστολικό Βικαριάτο Θεσσαλονίκης) και καθηγητής δογματικής θεολογίας στο Ινστιτούτο Οικουμενικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Antonianum της Ρώμης. Από το 2006 διευθύνει τη σειρά εκδόσεων καθολικής θεολογίας στα ελληνικά, "Analecta Theologica". Κυριότερα έργα του:

"Greci famosi a Padova" (Padova 1991), "Ιστορία της ενορίας Αγ. Σεβαστιανού 1829-1999" (Ερμούπολη 1999), "Oltre le forme: per una ecclesiologia ecumenical" (Vinenza 2004), "Έκρηξη ευσπλαχνίας και φαντασία αγάπης: 4 διαστάσεις της Ευχαριστίας" (Θεσσαλονική 2006).