Η Φωτεινή Μαργαρίτη είναι απόφοιτος της Αρχιτεκτονικής Σχολής του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στην EHESS (Παρίσι 1978-81) και στο διαπανεπιστημιακό πρόγραμμα σπουδών "Θεωρίες της αρχιτεκτονικής και σχεδιασμός" (UP1 Villemin Paris - AASchool London - FA Roma). Διατηρεί γραφείο μελετών στην Αθήνα, με δημοσιευμένο εφαρμοσμένο έργο και διακρίσεις σε αρχιτεκτονικούς διαγωνισμούς.

Από το 1980 διερευνά συστηματικά τη σχέση λογοτεχνίας-πόλης-αρχιτεκτονικού σχεδιασμού. Είναι μέλος του Εργαστηρίου Μεταπτυχιακών Σπουδών και Ερευνών Αισθητικής Φιλοσοφίας στο Πανεπιστήμιο Paris 8. Από το 2001 διδάσκει στο Τμήμα Αρχιτεκτόνων του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.