Ο Ευστράτιος Αϊδινίδης γεννήθηκε στην Αλεξανδρούπολη Έβρου αλλά μεγάλωσε και σπούδασε στη Θεσσαλονίκη. Τελείωσε το λύκειο Καλαμαριάς και αποφοίτησε το 1983 από τη Σχολή Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος του ΑΠΘ. Στην ίδια σχολή εκπόνησε μεταπτυχιακές σπουδές (MSc) το 2003 στην τεχνολογία του ξύλου.

Εργάστηκε αρχικά στη Διεύθυνση Αναδασώσεων Θεσσαλονίκης και από το 1986 έως το 1991 ήταν έκτακτος Καθηγητής Εφαρμογών στα ΤΕΙ Λάρισας και Καβάλας στα αντίστοιχα τμήματα Δασοπονίας τους. Από το 1991 εργάζεται στην ελληνική ξυλοβιομηχανία ΒΑΛΚΑΝ ΕΞΠΟΡΤ περνώντας από πολλές θέσεις. Σήμερα είναι διευθυντής παραγωγής της εταιρείας.