Ο Αθανάσιος Πρωτόπαπας ήταν κύριος ερευνητής στο Ινστιτούτο Επεξεργασίας του Λόγου ως τον Ιούνιο του 2010, οπότε διορίστηκε αναπληρωτής καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Κατέχει πτυχίο Φυσικής του Πανεπιστημίου Πατρών, μεταπτυχιακούς τίτλους μηχανικού και γνωσιακών επιστημών, και διδακτορικό γνωσιακών επιστημών του Πανεπιστημίου Brown. Εργάστηκε στις Η.Π.Α. στην ανάπτυξη λογισμικών παρέμβασης για παιδιά με γλωσσικές διαταραχές και για ηλικιωμένους με νοητική έκπτωση. Στην Ελλάδα έχει αναπτύξει λογισμικά ανίχνευσης μαθησιακών δυσκολιών. Διδάσκει γνωσιακή επιστήμη, μνήμη-μάθηση και υπολογιστικά μοντέλα σε μεταπτυχιακό επίπεδο. Το ερευνητικό του έργο εστιάζεται στην αντίληψη της ομιλίας και την ανάγνωση, με ιδιαίτερη έμφαση σε ψυχο-γλωσσολογικές διεργασίες και μηχανισμούς μάθησης.