Η Μαργαρίτα Τζαφλίδου είναι Καθηγήτρια Ιατρικής Φυσικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και Διευθύντρια του Εργαστηρίου Ιατρικής Φυσικής. Έχει συμμετάσχει ενεργά σε διάφορες ανώτερες διοικητικές θέσεις της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Είναι κριτής Ερευνητικών Προγραμμάτων Διεθνών Οργανισμών. Είναι Επισκέπτρια Καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Βελιγραδίου και Αντιπρόσωπος της UNESCO στην Ελλάδα σε θέματα Βιοφυσικής. Έχει ενεργό συμμετοχή στην οργάνωση για λογαριασμό της UNESCO του Εξ Αποστάσεως Εκπαιδευτικού Συστήματος. Έχει δώσει μεγάλο αριθμό διαλέξεων σε Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Κέντρα του Εξωτερικού.