Η Μαρία Μηλαπίδου αποφοίτησε το 2002 με βαθμό «Άριστα» από τη Νομική Σχολή του ΑΠΘ. Το 2004 ολοκλήρωσε τις Μεταπτυχιακές της Σπουδές στη Νομική Σχολή του ΑΠΘ και πιο συγκεκριμένα στον Τομέα Ποινικών και Εγκληματολογικών Σπουδών με «Άριστα». Το 2011 αναγορεύτηκε διδάκτωρ της Νομικής Σχολής ΑΠΘ. Καθόλη τη διάρκεια της εκπόνησης της διδακτορικής της διατριβής υπήρξε υπότροφος του Κοινωφελούς Ιδρύματος «Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης».



Από το 2014 είναι μεταδιδακτορική ερευνήτρια στον Τομέα Ποινικών και Εγκληματολογικών Σπουδών της Νομικής Σχολής του ΑΠΘ, εστιάζοντας στην έρευνα Νομικής και Βιοηθικής. Από το 2005 έχει ασχοληθεί με τη διδασκαλία προπτυχιακών μαθημάτων στη Νομική Σχολή του ΑΠΘ, ενώ από το 2011 διδάσκει σε πολλά διεπιστημονικά μεταπτυχιακά μαθήματα στο ΑΠΘ και στο ΔΠΘ. Είναι μέλος του Ομίλου Ιατρικού Δικαίου και Βιοηθικής, του Εργαστηρίου Μελέτης Ιατρικού Δικαίου και Βιοηθικής της Νομικής Σχολής του ΑΠΘ και συμμετέχει ως αξιολογητής στo περιοδικό και «Ιατρικό Δίκαιο και Βιοηθική». Έχει παρουσιάσει το έργο της σε συνέδρια και σεμινάρια στον τομέα του Ιατρικού Δικαίου της Βιοηθικής και έχει δημοσιεύσει περισσότερα από 50 άρθρα / σχόλια σε περιοδικά, ελληνικά και ξενόγλωσσα, έχει συγγράψει δύο μονογραφίες και ένα τρίτο βιβλίο σε συνεργασία με άλλο συγγραφέα. Επίσης, έχει αναλάβει την επιμέλεια έκδοσης σε περισσότερα βιβλία στο χώρο του Ιατρικού Δικαίου και της Βιοηθικής. Γνωρίζει άριστα Αγγλικά, και πολύ καλά Γερμανικά και Γαλλικά.