Ο Νικόλαος Κοτροκόης σπούδασε στο Πανεπιστήμιο Μουσικής και Δράματος του Graz, Διεύθυνση Χορωδίας,Τραγούδι, Σύνθεση και Διεύθυνση Ορχήστρας, αποκτώντας τους αντίστοιχους τίτλους και συνέχισε έως και την απόκτηση Magister Artium(masters) στον τομέα της Δ/νσης Φωνητικών Συνόλων. Έχει λάβει καλλιτεχνική διάκριση και χρηματικό βραβείο από την πόλη του Graz και υπήρξε καθ\' όλη την διάρκεια των σπουδών του, εν αλλάξ, υπότροφος του κοινωφελούς ιδρύματος Α.Σ.Ωνάσης και του Υπουργείου Επιστημών και Έρευνας της Αυστρίας. Το 1994, ίδρυσε το μουσικό σύνολο "ΠολυΦωνία". Από τότε έχει δώσει πολυάριθμες συναυλίες στην Ελλάδα και στο εξωτερικό, και έχει παρουσιάσει σε πρώτη ηχογράφηση παγκοσμίως το έργο του Έλληνα αναγεννησιακού συνθέτη Φραγκίσκου Λεονταρίτη. Συνέθεσε την μουσική και διηύθυνε μέλη της "Πολυφωνίας" (www.oocities.org/polyphonia/) στο πρώτο CD της Ι. Μονή Κουτλουμουσίου του Αγίου Όρους, που παρουσιάζει Έλληνες κλασικούς υπό την καλλιτεχνική επιμέλεια της τραγωδού κας Α.Συνοδινού. Έχει συνεργασθεί ως διευθυντής φωνητικών συνόλων, με τα μεγαλύτερα ωδεία της Αθήνας. Έχει δώσει επανειλημμένα συναυλίες στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών και συνεργάζεται με την Ελληνική Ραδιοφωνία. Ως συνθέτης έχει συνθέσει έργα μουσικής δωματίου, ορχήστρας εγχόρδων καθώς και συμφωνικής ορχήστρας.

Από το 1999 είναι Διευθυντής Σπουδών του Κέντρου Μουσικών Σπουδών-Ωδείου "Ηχομορφές", διδάσκοντας παράλληλα ανώτερα θεωρητικά, διεύθυνση και τραγούδι. Την ίδια χρονιά ήταν υποψήφιος βράβευσης για την δραστηριότητά του, από την Ένωση Ελλήνων Μουσικών και Θεατρικών Κριτικών. Από το 2007 έως 2010 δίδαξε το στο τμήμα Μουσικών Σπουδών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και από το 2010 είναι υποψήφιος διδάκτορας του ίδιου τμήματος. Από το 2010 είναι ιδρυτικό μέλος του του Κέντρου Φωνής & Κατάποσης Αθηνών - VSC (http://www.vsc-athens.gr), στην επιστημονική ομάδα του οποίου συμμετάσχει ως εκπαιδευτής φωνής.

To Σεπτέμβριο του 2011 εκδίδει σε συνεργασία με τις εκδόσεις "Μίνωας",και σε εικονογράφηση Ράνιας Βαρβάκη, την πρώτη του συλλογή τριών παραμυθιών για παιδιά ηλικίας 5-10 ετών, με μουσική, την οποία συνθέτει, ενορχηστρώνει, εκτελεί και ερμηνεύει ο ίδιος.